بر اساس یافته های این پژوهشگر، 100 مورد تغییر در هر صفحه از کتب اعمال شده است و بدین ترتیب، او نتیجه می گیرد که کُتُب منشأ مشترکی در پانصد سال گذشته داشتند. زمان بروز هر تغییر در حدود 10 سال تخمین زده می شود. این تفاوتها در دو سطربندی متفاوت از کتاب حاصل آمده اند. کتاب نمادین ما نشان دهنده ژنوم بوده و هر فصل آن را میتوان یک ژن در نظر گرفت که از زنجیره های نوکلئوتيدی A، T، C، G تشکیل یافته است. انسان ها در نقش گونه ها ظاهر شده و مکان نگه داری کتاب اعضای ِ آن گونه به شمار می روند. منظور از تغییرات هم “جهش های ژنتیکی” است.

تغییراتی که تاثیری بر معنای DNA نمی گذارند را جهش های طبیعی می گویند که می توانند بدون تصحیح شدن یا حذف شدن از طریق انتخاب طبیعی، در رمز ژنتیکی جمع شوند. از آنجا که ما رمزهای ژنتیکی را می خوانیم، امکان مقایسه گونه ها در این سطح بنیادی و گردآوری اطلاعاتی در خصوص قدمت فرگشتی آنها برای ما فراهم می شود.

تیک تاک نامشخص در DNA

با این حال، پیچیدگی زیست شناسی بر دشواری های پیرامون بررسی ساعت مولکولی می افزاید. سه جنبه از فرگشت می تواند مفهوم ساعت مولکولی را دچار اختلال و گمراهی کند. فرگشت (تکامل) می تواند همگرا باشد، گونه های مختلف بطور مستقل تکامل می یابند تا مشابه بنظر آیند. پس ما در شناسایی رابطه تنگاتنگ آنها به سادگی دچار اشتباه می شویم. برای مثال، این طرز فکر نادرست است که کوسه ها و دلفین ها خویشاوندی نزدیکی با یکدیگر دارند چرا که شبیه هم اند. آنها از زیستگاه ها، طعمه ها و فشارهای مشابهی برای بقا برخوردارند و به همین دلیل، شباهت هایی میان این دو شکل گرفته است. همین مورد می تواند برای DNA هم رخ بدهد.

بعضی از ژن ها می توانند سریع تکامل یابند و همچنین احتمال دارد رابطه نسبی میان مقدار تغییر و مقدار زمان در اثر اشباع شدگی نفي گردد. بخش هایی از ژنوم رونوشت شده، از دست رفته یا حتی میان موجوداتی که رابطه دوری با هم دارند انتقال می یابد( انتقال ژن افقی) که مقایسه “شبیه با شبیه” را به امری دشوار تبدیل می کند. انتخاب دقیق داده ها چنین خطاهایی را از میان بر میدارد.

عدم سازگاری همیشگی میزان تغییر ژنتیکی یکی دیگر از مشکلات می باشد. بخش های مختلف ژنوم با سرعت های مختلفی تکامل می یابند و میزان سرعت هم با گذشت زمان تغییر یافته است. تنظیم مقادیر مشخص تغییر ژنتیکی متناسب با مدت زمان سپری شده بعنوان یکی از راه حل ها شناخته شده است. ما از این مسئله آگاهی داریم که برخی دودمان ها چه زمانی دارای اجداد مشترکی بودند چرا که فسیل آنها موجود است و ما با بهره‌گیری از روش هایی نظیر تعیین قدمت پرتو سنجی، به زمان زندگی آن پی می بريم.

با درک رابطه میان زمان بندی یک واگرايي و مقدار تغییر ژنتیکی میان دو تبار (دودمان)، امکان استنتاج از این رابطه برای بقیه درخت فرگشتی و تخمین زمان رخداد سایر واگرایی ها فراهم می آید. به دلیل عدم قطعیت در تعیین قدمت فسیل و سرعت تغییر فرگشتی، ساعت مولکولی نمی تواند با دقت بالایی عمل کند، اما در صورت استفاده صحیح میتواند عملکرد بسیار دقیقی بر جای بگذارد. پس عدم دقت کافی بازتاب دهندهء عدم اطمینان ما در مورد گذشته است. خود گونه زایی بصورت آنی اتفاق نمی افتد، بلکه وقوع آن به بازه های زمانی بسیار طولانی احتیاج دارد.